Caso o servidor não concorde com a decisão pericial terá o direito de interpor, uma única vez, pedido de reconsideração que pode ser feito pelo SIGEPE, selecionando a junta médica em questão. Na hipótese de novo indeferimento, poderá solicitar, como última instância administrativa, recurso este também feito pelo SIGEPE da mesma forma, cujos peritos são distintos daqueles que analisaram o pedido de reconsideração.